新港生产基地全自动化高架立体仓库及质量控制中心大楼于2009年5月18日落成。
该大楼在设计上注重技术先进性与经济实用性的有机结合，力求富有个性和时代气息。建筑风格与原一期和二期工程相协调，突出圣和厂区风貌的原有特点，在建筑细部、形体、空间布局上有所创新，注重立面造型和室内内环境的高品质要求，功能区域安排细致合理，以满足质量控制、仓储和生产的要求，并为工作人员提供了一个合理、宜人的办公与工作场所。
医贸公司库房及办公用房是该建筑物主要设施之一，净高16.5米的全自动高架库房，实现了仓库管理、设备监控和数据采集系统的智能化，使入库、出库、移库、盘点、养护、抽检等货物的运转过程均实现电脑控制。位于东侧的卸货平台区域采用11米大跨度井字梁，三个电动控制活动卸货平台，空间大，自动化程度高。上述设施给人以较强的现代感，在南京制药企业也是为数不多的。
药业公司质量控制中心在建筑南侧二、三两层，三层的实验室部分采用大玻璃隔断、大空间、舒适性空调和现代的实验室通风系统，为实验人员提供了整洁、明亮、舒适的工作环境。二层留样室大型货架整齐排列，按照GMP要求安装的温湿度控制设施，确保对留样产品质量的观察与准确认定。
建筑内的办公区域基本采用玻璃隔断、大开间的方式，配合水系统舒适性空调，办公采光通风效果好，大方气派，形成较佳的办公场所。建筑外观与原厂区建筑相吻合，与原厂区风貌融为一体。该建筑的落成为我公司提升生产能力和销售规模提供了发展空间，为产品质量控制提供了更优越的工作环境，亦已成为企业对外的又一个亮点。
全自动仓库及质量控制中心大楼是新港生产基地的第三期建设项目，建筑面积6440平方米，建筑高度18.4米，由南京中外工程设计与顾问有限公司设计，南京第四建筑工程公司承建，南京工大建设监理公司监理。该项目上部工程于2008年11月开工，由置业公司具体负责该项目的实施工作，在工程技术人员的努力下，克服了工期紧、高架库技术要求高和春节后连续20余天阴雨的困难，如期完工，为确保小针及中药提取GMP认证提供了较好的工作环境。